Bach heeft zijn Johannes Passion in drie maanden geschreven en voor het eerst uitgevoerd in 1724 tijdens de Goede Week in de Thomaskirche te Leipzig.
Het thans gebruikelijke openingskoor “Herr, unser Herrscher” alsook het slotkoraal ”Ach Herr, laß dein lieb Engelein” werden door Bach pas later toegevoegd. In de tweede van de in totaal vier versies van de Johannes Passion, die uit 1725, gebruikte Bach als openingskoor het slotkoor van het eerste deel van zijn Matthäus Passion “O Mensch, bewein dein Sünde groß”. Tevens voegde hij aan deze versie nog een aantal aria’s en arioso’s aan toe, namelijk “Ach, mein Sinn”, “Erwäge”, “Mein Herz”, “Zerfließe, mein Herze” en “Betrachte, meine Seel”. Ook in latere tijd bracht Bach nog de nodige wijzigingen aan in Johannes Passion.
Het grootste deel van de tekst is ontleend aan het Johannes Evangelie. Opvallend is echter, dat Bach tweemaal een dramatische tekst uit het Matthäus Evangelie invoegt: Matth. 26:75 over het bittere wenen van Petrus na zijn drievoudige verloochening van Jezus en Matth. 27:51-52 over het scheuren van de voorhang in de tempel, de aardbeving, het splijten van de rotsen en de opstanding van de gestorvenen na de dood van Jezus.
De niet-Bijbelse teksten zijn van Bach zelf, waarbij hij echter sterk aanleunt tegen “Der für die Sünde der Welt gemarterte und sterbende Jesus” van B.H. Brockes.
De Johannes Passion is geschreven voor sopraan- en altsolo en voor twee tenor- en twee bassoli, vierstemmig koor, orkest en basso continuo. Bach gebruikte in het orkest enkele ook in zijn dagen al min of meer in onbruik geraakte instrumenten, zoals de viola d’amore en de theorbe (basluit) in het bas-arioso “Betrachte” en in de tenor-aria “Erwäge” alsook de viola da gamba in de alt-aria “Es ist vollbracht”.